Sumber Pembiayaan Puskesmas Baru Tengah Balikpapan Tahun 2013 didanai melalui :

  1. APBD Kota Balikpapan
  2. APBN Pusat
  3. Pendapata nJasa Layanan (BLUD)

Mengenai Pembiayaan ini Puskesmas membuat RKA ( Rencana Kinerja Anggaran ) yang bersumber pada APBD Kota Balikpapan, sedangkan untuk Pendanaan Pusat melalui Dinas Kesehatan Kota Balikpapan berupa dana BOK(Bantuan Operasional Kesehatan) serta program Jamkesmas.

Sejak 1 Juli Tahun 2013 ,Puskesmas Baru Tengah mulai menerapkan PPK BLUD dimana uang Pendapatan tidak lagi disetor ke Kas Daerah, melainkan dikelola sendiri dengan pengelolaan PPK BLUD, namun karena belum memiliki RBA awal, maka uang pendapatan jasa layanan selama Juni-Desember 2013 masih belum bisa dipakai untuk kegiatan operasional Puskesmas.