Prestasi yang pernah diraih oleh Puskesmas Baru Tengah Balikpapan, antara lain:
- Juara Pertama Puskesmas Terbaik se-Kota Balikpapan tahun 2003
- Juara Pertama Puskesmas Terbaik se-Kota Balikpapan tahun 2004
- Juara Ketiga Puskesmas Terbaik se-Kota Balikpapan tahun 2012
- Juara Ketiga Puskesmas Terbaik se-Kota Balikpapan tahun 2013