Prestasi yang pernah diraih oleh Puskesmas Baru Tengah Balikpapan, antara lain:

  • Juara Pertama Puskesmas Terbaik se-Kota Balikpapan tahun 2003
  • Juara Pertama Puskesmas Terbaik se-Kota Balikpapan tahun 2004
  • Juara Ketiga Puskesmas Terbaik se-Kota Balikpapan tahun 2012
  • Juara Ketiga Puskesmas Terbaik se-Kota Balikpapan tahun 2013