Puskemas Baru Tengah mulai mengubah pola pengelolaan keuangan dari konvensional ke Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah sejak 1 Juli 2013, melalui Surat Keputusan Walikota Balikpapan nomor 188.45-432/2014.
Pejabat Pengelola Badan Layanan Umum Daerah di Puskesmas Baru tengah juga ditetapkan mekakui Surat Keputusan Walikota nomer 188.45-697/2013, yang isinya :
- Pemimpin Badan Layanan Umum Daerah adalah Kepala Puskesmas
- Pejabat Pengelola Keuangan Badan Layanan Umum Daerah adalah pejabat yang di tunjuk oleh Pimpinan Badan Layanan Umum Daerah
- Pejabat Teknis adalah Pejabat Fungsional yang ditunjuk oleh Pimpinan Badan Layanan Umum Daerah
- Bendahara Pengeluaran dan Bendahara Penerimaan Badan Layanan Umum Daerah adalah Bendahara Penerimaan dan Bendahara Pengeluaran yang ditetapkan dengan keputusan Walikota.